De 1214 à 1798, le village devient une commanderie de l’ordre souverain et militaire des hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem, ordre connu aujourd’hui sous le nom d’ordre de Malte. Pendant toute cette période, Le Burgaud fait partie des possessions de l’ordre, et ne dépend que de l’ordre. L’administration est celle de l’ordre, les religieux sont ceux de l’ordre, les juges sont ceux de l’ordre. Cette situation provoquera de nombreux conflits avec l’administration royale de France.

Nous leur devons la construction de l’église au XIIIème ou XIVème siècle